BioResearcher演示案例
由 demos/run-demo.mjs 驱动的七个真实运行场景（智能体案例经 opencode v1.18.30 运行；2026-09-11 刷新重跑，被测对象 deep-research 1.7.0 + biomcp 1.4.0；被测技能树按案例在 provenance.json 中钉扎）。每个案例都带客观校验、整理后的会话记录与仓库中提交号钉扎的产物。
下方嵌入的报告是仓库中提交的原始 HTML 产物——本站渲染原文件，不做任何重新渲染。
深度研究——BRCA1 DNA 修复文献调研（英文）
bioresearcher-deep-research 技能的免访谈轻量路径：分解主题、并行派发工作节点（把每条可引用来源追加到逐方面证据账本）、以引用键草稿汇总，再由账本脚本统一编号渲染引用与参考文献（唯一编号权威）并经 vet-references.py 审计——产出 reports/<topic>/final_report.md 及默认开启的 fina…
深度研究——中文提问的肿瘤免疫治疗文献综述
同一深度研究技能，中文提问（WorkBuddy 连接器的中文示例语料）：并行工作节点构建逐方面证据账本，render 脚本统一为引用键编号并生成参考文献，vet-references.py 审计结果——智能体检索英文生物医学数据源，以中文撰写综述并附 PMID 引用。
访谈优先——研究开始前先提出澄清问题
未加 no-interview 前缀时，深度研究技能会在一轮内集中提出澄清问题，且不先开始检索——即便是在非交互的 `opencode run --auto` 模式下。
PubMed 周更——将 updatefiles 样例解析为 Excel 工作簿
bioresearcher-pubmed-weekly 技能用纯 Python 流式解析器，把裁剪版的周更 updatefiles 存档（6 条 <PubmedArticle> 记录 + 一个 <DeleteCitation> 块）解析为一个 combined.xlsx 工作簿。
发表级结构生物学图——KRAS Switch I/II 与三层 QA 门禁
串联 bioresearcher-python-setup-uv（uv 环境 + pymol-open-source/matplotlib/pymupdf/numpy/pillow/biopython）与 bioresearcher-plot-making，由结构数据fixtures 渲染 fig1_kras_landscape（.pdf/.svg/.png…
MCP 工具巡览——8 个核心工具的真实请求/响应样本
对免密钥 biomcp@1.4.0 服务的确定性 stdio JSON-RPC 探针：initialize 握手、分页 tools/list（41 个受-pin 核心工具全部在列），随后 8 次脚本化 tools/call，其真实响应即 MCP 文档 API 表格的数据来源。
MCP 工具巡览——BRAF V600E 从变异到临床试验的调用链（中文注释）
同款确定性探针，主题取自 WorkBuddy 连接器第三条中文示例语料（查找 BRAF V600E 变异的相关药物与临床试验）：变异 → 基因 → 药物 → 临床试验共 4 次免密钥调用，附中英双语注释。
复现指南与产物索引： demos/README.md